Fue fundado el 15 de mayo de 2015 por iniciativa del alcalde de la ciudad de Salamanca con el objetivo de dar una oportunidad a los jóvenes de la ciudad, y en paralelo, que la comuna destacara en el fútbol a nivel nacional. 

Esto último se concretó tras la aceptación del club bajo el nombre de Municipal Salamanca en la Tercera División B de Chile donde sería asignado al Grupo Norte y haría una muy buena campaña pues quedó ubicado en la cuarta posición de dicho grupo con 42 unidades.

Se cuenta que Salamanca fue una tierra de poderosos hechiceros que se reunían en las quebradas de la cuarta región a realizar sus aquelarres. Es por aquellas leyendas locales, el nombre del club y que en su escudo aparezca una nigromántica volando sobre una escoba.

Desde el año 2017 se desempeña en la Tercera División A, destacándose el sexto lugar en las temporadas regulares de 2018 y 2019, en ésta última quedó fuera de los Play-Offs debido a la diferencia de goles contra el Provincial Ovalle.

En la campaña 2024, el equipo quedó en el segundo puesto de la Tercera A del fútbol amateur por lo que ascendió a la Segunda División Profesional por primera vez en su corta historia. El goleador de dicha campaña fue Matías Urízar con 17 goles seguido por Jesús Gaete quien anotó 9 anotaciones. 

El desafío de este año es claro, luchar por un historico ascenso a Primera B. 

¡Hoy el fútbol chileno celebra a Brujas de Salamanca en sus 10 años de vida, Felicitaciones!