Fue fundado el 20 de agosto de 1916 bajo el nombre de Liceo Football Club, esto debido a que un grupo de estudiantes del liceo de hombres deciden formar un club de fútbol para participar en la liga de Chillán. 

En septiembre de 1930 cambió su denominación a “Centro Deportivo Liceo Ñublense”, y el 7 de febrero del mismo año a “Centro Deportivo Ñublense”, ya que los exalumnos del liceo querían seguir participando en la institución. En 1942 cambia por última vez de nombre a como se le conoce actualmente “Club de Deportes Ñublense”.

En Chillán cuenta con el siguiente palmarés: Primera B de Chile (1976 y 2020), Campeonato de la Segunda División de Chile (1971) y Tercera División (1985, 1992 y 2004). 

La última campaña destacable de Ñublense fue la del 2022 en la cual consiguieron un histórico segundo puesto, en aquella campaña “Los Diablos Rojos” lograron sumar 52 puntos. Los dirigidos por Jaime García clasificaron a la Copa Libertadores 2023. En el campeonato 2022 la gran figura de Ñublense fue Alexander Aravena quién fue uno de los goleadores del campeonato con 11 goles. 

Un jugador que ha hecho historia en los “Chillanejos” es Patricio Rubio quién ha sido el goleador y una pieza fundamental en el ataque, lo que lo ha transformado en el máximo goleador histórico del equipo en Primera División con 32 goles. Sin embargo, el artillero con más goles con la camiseta de Ñublense es Mario Lagos con 67 goles. 

En la última temporada, “Los Diablos Rojos” disputaron la final de la Copa Chile, pero lamentablemente fueron derrotados por la Universidad de Chile por 1-0, a pesar del resultado ser el subcampeón de la Copa Chile les valió su segunda clasificaron a la Copa Libertadores. Mientras que en el Campeonato Itaú 2024, terminaron en novena posición con 40 puntos.

¡Hoy el fútbol chileno celebra a la Ñublense en sus 109 años de vida, Felicitaciones!