El club nació de la fusión de dos instituciones locales: Arica Portuario y Norte Unido, con la misión de mostrar el talento futbolístico de la zona y representar al extremo norte en las competencias nacionales. Desde entonces, San Marcos se ha ganado un lugar propio en el fútbol nacional, acompañado siempre por una fiel hinchada que convierte al Estadio Carlos Dittborn en una verdadera fiesta cada vez que el equipo juega de local.

A lo largo de su trayectoria, los “Bravos del Morro” han acumulado una trayectoria sólida en las divisiones profesionales. Su palmarés incluye tres títulos de Primera B, mostrando su constancia en la división de plata y dos títulos de Segunda División, reflejo de su capacidad para competir y sobreponerse en distintas etapas del fútbol chileno.

Uno de los momentos más celebrados por su gente fue la campaña de 2014, cuando San Marcos de Arica obtuvo el título de Primera B y retornó a la Primera División tras décadas de esfuerzo, desatando la alegría de toda una ciudad que aguardaba ese regreso.

La historia de San Marcos también está marcada por la huella de jugadores que dejaron una marca imborrable en la institución. Uno de ellos es Jorge Cabrera, histórico goleador del club con 101 anotaciones, figura decisiva en la campaña que les valió el título de Primera B en 1981, hito que lo llevó incluso a ser convocado a la selección nacional.

En la temporada 2025, los ariqueños firmaron una campaña destacada en la Liga de Ascenso, culminando en cuarta posición con 48 puntos y avanzando hasta la Liguilla de Ascenso. Si bien no consiguieron regresar a la división de honor, el equipo dejó un rendimiento sólido y enfrentamientos memorables para su afición.

Más allá de resultados y estadísticas, San Marcos de Arica representa un sentimiento profundo para la comunidad ariqueña. Su historia —forjada con trabajo, identidad local y pasión— es reflejo del espíritu orgulloso de su gente, que vive cada partido como una celebración de pertenencia y orgullo regional.

Hoy, el fútbol chileno reconoce los 48 años de trayectoria de San Marcos de Arica.